All’inizio del 1500 la città di Ferrara e la Casa d’Este, subiscono varie vicissitudini.
Dopo la carestia, la pestilenza, le inondazioni e il terremoto del 1505, la devozione alla Beata è molto incrementata. Al sopraggiungere di guerre interne e ed esterna (Lega di Cambrai), e a seguito dell’interdetto sulla città, l’annuale esumazione del corpo della Beata e il conseguente lavacro è sospeso. Agli ammalati viene così a mancare l’acqua prodigiosa, raccolta dalla lavatura annuale, grande sostegno spirituale.
Il 21 dicembre 1512, tornata la pace e tolto l’interdetto, per la gioia dei fedeli può essere aperto il sepolcro: agli occhi della Comunità il Corpo della Beata appare roseo e profumato come in passato, ma subito dopo si dissolve rimanendo solo lo scheletro. Quel Corpo incorrotto che era stato segno di protezione per la Casa d’Este, ora invece si sottrae agli occhi di tutti. Questo evento viene letto come espressione di disapprovazione da parte della Beata per la condotta immorale e l’operato politico dei Principi di Ferrara.
Per acconsentire alla richiesta dei fedeli, si riprende il lavaggio delle Ossa: in tal modo molti frammenti sono perduti, alcuni sono donati ai fedeli, col rischio di essere privati di tutte le Ossa. La Curia Arcivescovile nuovamente proibisce la lavatura, raccomandando di raccogliere le Ossa in un’urna, costruita in ferro, che è collocata sopra l’altare sepolcrale.
Tuttavia, poiché i fedeli richiedono quell’acqua benefica, le monache pregano la stessa Beata per poter accondiscendere alle insistenti domande. E così, tra il 1527 e il 1530, inizia il prodigioso fenomeno di uno stillicidio di un liquido inodore, incolore, insapore, simile ad acqua, fenomeno che si ripete costantemente ogni anno fino ad oggi, tra l’inizio di ottobre fino a metà marzo. Lo stillicidio raggiunge il suo apice intorno al 18 gennaio, anniversario della morte e festa liturgica della Beata Beatrice. L’acqua è ancora oggi raccolta in piccoli botticini e distribuita ai fedeli che ne fanno richiesta per ottenere guarigioni fisiche e spirituali. La quantità di acqua complessiva varia ogni anno dai quattro ai cinque litri.